Ο Αθανάσιος Ε. Καραθανάσης σπούδασε Φιλολογία, Ιστορία και Θεολογία στο Α.Π.Θ. Διδάκτωρ Φιλολογίας (1975) και Θεολογίας-Εκκλησιαστικής Ιστορίας (1985) του ιδίου Πανεπιστημίου, Υφηγητής και Επίκουρος Καθηγητής της Φιλοσοφικής Σχολής του Πανεπιστημίου Αθηνών και τακτικός Καθηγητής της Θεολογικής Σχολής (τομεύς Ιστορίας) του ΑΠΘ από το 1989 στην έδρα της Ιστορίας του Ελληνισμού. Μεταπτυχιακές σπουδές στο Ελληνικό Ινστιτούτο Βενετίας και στο Πανεπιστήμιο της Πάδοβας (1969-1972) και στην Ecole Pratique des Hautes-Etudes-Paris (1979-1981). Εργάσθηκε ως ερευνητής στο Ίδρυμα Μελετών Χερσονήσου του Αίμου (Ι.Μ.Χ.Α., 1974-1988). Δίδαξε στα Τμήματα Ιστορίας και Ελληνικής Φιλολογίας του Δημοκριτείου Πανεπιστημίου Θράκης και στο Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας Νεοελληνική και Βαλκανική Ιστορία (1992-2004). Ασχολείται με θέματα της Μεταβυζαντινής και Νεοελληνικής Ιστορίας, της Ιστορίας των Βαλκανίων, της ιστορίας της Μακεδονίας, της Θράκης, της Κύπρου, της Μ. Ασίας και του Νεοελληνικού Διαφωτισμού. Συνέγραψε 25 αυτοτελή έργα και 350 μελέτες σε ελληνικά και ξένα περιοδικά. Είναι μέλος επιστημονικών εταιρειών, έλαβε μέρος σε διεθνή συνέδρια, δίδαξε σε ξένα πανεπιστήμια (Στρασβούργου, York, Καναδά, Sapienza Ρώμης). Μελέτησε ελληνικές και ξένες αρχειακές μονάδες, πραγματοποίησε επιστημονικές αποστολές σε ευρωπαϊκές χώρες, στην Αυστραλία, την Αμερική και τις Βαλκανικές χώρες. Διηύθυνε επιστημονικά προγράμματα του Α.Π.Θ. Επιμελήθηκε τόμους της Βαλκανικής Βιβλιογραφίας του Ι.Μ.Χ.Α. και επιστημονικά αφιερώματα σε διακεκριμένες προσωπικότητες. Διετέλεσε Γενικός Γραμματεύς (2000-2006) και Αντιπρόεδρος (2009-2012) της Εταιρείας Μακεδονικών Σπουδών, μέλος (1997-2001) του Δ.Σ. του Ι.Μ.Χ.Α. και του Κέντρου Ιστορίας Θεσσαλονίκης. Διετέλεσε Αναπληρωτής Πρόεδρος και Πρόεδρος του Τμήματος Ποιμαντικής και Κοινωνικής Θεολογίας (1997-2001, 2011-2013), Συγκλητικός του Α.Π.Θ. και μέλος επιτροπών του Α.Π.Θ. Την περίοδο 2007-2009 ήταν διευθυντής του Περιφερειακού Κέντρου Μετεκπαίδευσης. Είναι ιδρυτικό μέλος του Ιδρύματος Θρησκευτικού και Εθνικού Προβληματισμού, του οποίου διετέλεσε και Πρόεδρος την περίοδο 2000-2002. Είναι Άρχων Διερμηνεύς του Οικουμενικού Πατριαρχείου και τιμήθηκε από το Πατριαρχείο Αλεξανδρείας. Κατά την τριετία 2015-2018 διετέλεσε Πρόεδρος της Εταιρείας Μακεδονικών Σπουδών. Είναι νυμφευμένος με την πανεπιστημιακό Ελένη-Αιμιλία Παπαεμμανουήλ, με την οποία έχουν δύο θυγατέρες.