Η Εταιρεία Μακεδονικών Σπουδών ιδρύθηκε στις 29 Απριλίου 1939 από επίλεκτα μέλη της κοινωνίας της Θεσσαλονίκης που ανήκαν στον πνευματικό και εμπορικό κόσμο της χώρας. Οι άνδρες αυτοί, Μακεδόνες στη μεγαλύτερη πλειοψηφία τους, απέβλεψαν στη δημιουργία οργανισμού, ο οποίος θα είχε σκοπό την περισυλλογή, καταγραφή, ταξινόμηση, διατήρηση, μελέτη και δημοσίευση παντός γλωσσικού, αρχαιολογικού, αρχειακού, λαογραφικού υλικού και λαϊκής τέχνης που σχετίζεται με τη Μακεδονία. Παράλληλα στόχευαν στην ανύψωση του μορφωτικού, πνευματικού και πολιτιστικού επιπέδου του μακεδονικού λαού, με τις εκδόσεις των περιοδικών και συγγραμμάτων της Εταιρείας, με προκηρύξεις γλωσσικών, λαογραφικών και ιστορικών αγωνισμάτων, με την ενίσχυση σχετικών ερευνών, με την ίδρυση και οργάνωση κοινοτικών λαϊκών βιβλιοθηκών, με τη συγκέντρωση συγγραμμάτων και μελετών αναφερομένων στην ιστορία της Μακεδονίας, με την ίδρυση και οργάνωση παραρτημάτων σε διάφορες πόλεις της Μακεδονίας, καθώς επίσης και με κάθε άλλο νόμιμο μέσο το οποίο θα έκρινε βοηθητικό το Διοικητικό Συμβούλιο. Στρατηγικός στόχος της Εταιρείας ήταν ανέκαθεν και παραμένει εσαεί η υπεράσπιση και ανάδειξη της Ελληνικής Μακεδονίας με τα προαναφερόμενα και άλλα μέσα.Οι παραπάνω στόχοι διατυπώθηκαν στα άρθρα 2 και 3 του εν συνεχεία εγκριθέντος δικαστικώς καταστατικού της Εταιρείας (Πρωτοδικείο Θεσσαλονίκης, αρ. απόφ. 1290/1939) και παρέμειναν μέχρι σήμερα απολύτως σεβαστοί από τα εκάστοτε Διοικητικά Συμβούλια, τα οποία καταβάλλουν τεράστιες προσπάθειες για την εκπλήρωσή τους. Με αυτό τον τρόπο η Εταιρεία κατέστη νομικό πρόσωπο Ιδιωτικού Δικαίου.
Ακολούθησαν εκλογές για την ανάδειξη του πρώτου Διοικητικού Συμβουλίου, το οποίο απαρτίστηκε από τους Κωνσταντίνο Μερκουρίου ως πρόεδρο, Αντώνιο Σιγάλα ως αντιπρόεδρο, Αλέξανδρο Λέτσα ως γενικό γραμματέα, Ιωάννη Βασδραβέλλη ως ταμία, Γεώργιο Τσιστόπουλο ως έφορο, Στίλπωνα Κυριακίδη, Κωνσταντίνο Μικρού, Δημήτριο Μισυρλή, και Χαράλαμπο Λέκα ως συμβούλους.
Το κυριότερο μέλημα του Διοικητικού Συμβουλίου, από την ίδρυση της Εταιρείας, ήταν η εξασφάλιση οικοπέδου για την ανέγερση των κτηριακών εγκαταστάσεών της. Χάρη στις ενέργειες του τότε γενικού γραμματέα της Εταιρείας Αλεξάνδρου Λέτσα και την πλήρη κατανόηση και συμπαράσταση του τότε Υπουργού Οικονομικών Σωτηρίου Γκοτζαμάνη, παραχωρήθηκε στην Εταιρεία από το Δημόσιο δωρεάν χώρος δύο χιλιάδων μέτρων κοντά στο Λευκό Πύργο, καθώς και ποσό ικανό για την ανέγερση του πρώτου μεγάρου της Εταιρείας.
Στις 8 Φεβρουαρίου 1949 ο Βασιλεύς Παύλος, συνοδευόμενος από τη σύζυγό του Βασίλισσα Φρειδερίκη, έθεσε τον θεμέλιο λίθο του πρώτου μεγάρου της Εταιρείας και δύο χρόνια αργότερα, στις 19 Νοεμβρίου 1951, το θεμέλιο λίθο του Μεγάρου Β΄. Οι εργασίες ανέγερσης του μεγάρου Γ΄ – που συνδέει το μέγαρο Α΄ με το μέγαρο Β΄ – ξεκίνησαν το φθινόπωρο του 1968.
Η Εταιρεία διαθέτει σήμερα τρία κτήρια συνεχόμενα, τα οποία αποτελούν ένα από τα πιο εμβληματικά κτηριακά συγκροτήματα της Θεσσαλονίκης. Στο πενταόροφο κτήριο Α΄ στεγάζεται η διοίκηση, το Λογιστήριο, η Βιβλιοθήκη, το Bιβλιοπωλείο, η αίθουσα τελετών, το εντευκτήριο, και τα επιστημονικά τμήματα Εκδόσεων, Ιστορικών Μελετών και Γλωσσολογίας. Στο κτήριο Β΄ στεγάζεται ο κινηματογράφος «Αριστοτέλειον», το Θέατρο, στο όποιο λειτουργεί ως μισθωτής το Κρατικό Θέατρο Βορείου Ελλάδος, η Δημοτική Τηλεόραση Θεσσαλονίκης ως μισθωτής, η Πινακοθήκη και η αίθουσα συνεδρίων με δυνατότητα μεταφράσεως σε τρεις γλώσσες. Στο κτήριο Γ΄ στεγάζονται τα καμαρίνια των ηθοποιών, τα γραφεία διοικήσεως του Θεάτρου, η πλάγια κινητή σκηνή και οι χώροι παρασκευής σκηνικών.
Το εκδοτικό έργο της Εταιρείας είναι πλούσιο. Στα τέσσερα εκδοτικά Τμήματα (βιβλιοθήκες), τα οποία τα παλαιά Διοικητικά Συμβούλια είχαν οργανώσει, δηλαδή στη Μακεδονική, στην Εθνική, στη Μακεδονική Λαϊκή, και στη Μακεδονική Λογοτεχνική Βιβλιοθήκη, καθώς και στο Τμήμα Επιστημονικών Πραγματειών, το οποίο είναι διηρημένο στη Φιλολογική και Θεολογική Σειρά και στη Νομική και Οικονομική Σειρά, προστέθηκε το Τμήμα Νεοελληνικών Ιστορικών Ερευνών. Τα Τμήματα αυτά έχουν εκδόσει, ως σήμερα, 230 βιβλία για την προαγωγή των σκοπών της Εταιρείας. Παράλληλα προς αυτά η Εταιρεία εκδίδει ετησίως δύο περιοδικά με τα παραρτήματά τους, τα «Μακεδονικά» και τα «Ελληνικά». Στην κατηγορία των περιοδικών αυτών εκδόσεων πρέπει να καταταχθούν και οι τιμητικοί τόμοι, τους οποίους η Εταιρεία κατά καιρούς εξέδωσε τόσο υπέρ προσωπικοτήτων, όσο και με την ευκαιρία σημαντικών ιστορικών επετείων και συνεδρίων.
Για τη διάθεση των εκδόσεών της στο ευρύτερο κοινό η Εταιρεία συνεβλήθη με βιβλιοπωλεία της Θεσσαλονίκης, της Αθήνας και του εξωτερικού· επιπλέον μετέχει σε πανελλήνιες και διεθνείς εκθέσεις βιβλίου. Για την καλύτερη όμως προβολή των εκδόσεών της, ίδρυσε το 1970 βιβλιοπωλείο, στο ισόγειο του Μεγάρου Α΄.Τις εκδόσεις της αποστέλλει σε όλες τις γνωστές βιβλιοθήκες του κόσμου, είτε δωρεάν, είτε επ ανταλλαγή, είτε επί παραγγελία, κατορθώνοντας με αυτό τον τρόπο να καταστήσει γνωστές τις ελληνικές απόψεις σε θέματα για τα οποία η Ελλάδα έχει άμεσο ενδιαφέρον. Οι απόψεις αυτές είναι πάντοτε αυστηρά επιστημονικές και διατηρούν το υψηλό κύρος της Εταιρείας.
Η Βιβλιοθήκη της Εταιρείας βρίσκεται στον τρίτο όροφο του Μεγάρου Α΄ και άρχισε τη λειτουργία της το 1951 με πρώτο πυρήνα το βιβλιακό και άλλο υλικό που αποκτήθηκε κυρίως από δωρεές Μακεδόνων της Αθήνας αλλά και των Θεσσαλονικέων μελών της. Η πρώτη μεγάλη δωρεά έγινε από την κ. Βέρα Παπαηλιάκη το 1954, αποτελούμενη από 2.102 βιβλία. Ακολούθησαν στη συνέχεια και άλλες σημαντικές δωρεές, όπως της οικογένειας Δραγούμη, των Γεωργίου Σαγιαξή, Τριανταφύλλου Κοντονασσοπούλου, Κωνσταντίνου Τσώπρου, Χριστοφόρου Νάλτσα, Π. Δημητριάδου, Γεωργίου Βασδραβέλλη, Ιωάννου Βασδραβέλλη, Γεωργίου Αστεριάδου, Ι. Τριανταφυλλίδου, Αλεξάνδρας Παραφεντίδου, Γεωργίου Θεοχαρίδου, Πασχάλη Καραπάλη, της Ελληνικής Κοινότητος Αλεξανδρείας, ολόκληρη τη βιβλιοθήκη της Εταιρείας Σλαβικών Μελετών κ.ά. Σήμερα αριθμεί περίπου 70.000 τόμους βιβλίων, περιοδικών, χειρογράφων, εφημερίδων, χαρτών καθώς και άλλο μη βιβλιακό υλικό, το οποίο πολλαπλασιάζεται συνεχώς με αγορές, δωρεές και ανταλλαγές. Στον αριθμό αυτό θα πρέπει να συνυπολογισθεί ένας σημαντικός αριθμός παλαιοτύπων εκδόσεων που έχουν εκδοθεί πριν από το 1800, οι οποίες μαζί με τα χειρόγραφα και άλλες σπάνιες εκδόσεις αποτελούν ένα ξεχωριστά προστατευμένο τμήμα, την «Ειδική συλλογή» της βιβλιοθήκης.
Η Πινακοθήκη της Εταιρείας στεγάζεται στον έκτο όροφο του Μεγάρου Β΄ (Νικολάου Γερμανού 1). Τα εγκαίνια της αίθουσας της Πινακοθήκης έγιναν στις 16 Ιουνίου 1975. Η αίθουσα περιέλαβε πίνακες τους οποίους η Εθνική Τράπεζα της Ελλάδας διέθεσε στην Εταιρεία προς έκθεση. Η συλλογή της Πινακοθήκης συνεχώς πλουτίζεται από αγορές και προσφορές. Σήμερα διαθέτει 560 έργα στη μόνιμη συλλογή της και προσελκύει χιλιάδες επισκέπτες ετησίως.
Στους σκοπούς της Εταιρείας περιλαμβάνεται η διοργάνωση διεθνών συμποσίων, καθώς και η συμμετοχή εκπροσώπων της σε διεθνή επιστημονικά συνέδρια. Τα συνέδρια που διοργάνωσε η Εταιρεία μέχρι σήμερα σημείωσαν εξαιρετική επιτυχία λόγω της συμμετοχής επιφανών επιστημόνων από την Ελλάδα και το εξωτερικό. Διοργανώνει επίσης ημερίδες και διαλέξεις με σκοπό την πολιτιστική άνοδο του λαού της Βόρειας Ελλάδας. Μετέχει κατα έτος στα συνέδρια των Παμμακεδονικών Ενώσεων Αμερικής – Καναδά και Αυστραλίας διά του Προέδρου της.
Από τα πρώτα μελήματα της Εταιρείας υπήρξε η ενίσχυση αριστούχων πτωχών Μακεδόνων με τη χορήγηση υποτροφιών για σπουδές στο εσωτερικό και το εξωτερικό. Υπότροφοι της Εταιρείας Μακεδονικών Σπουδών υπήρξαν οι Κ. Βαβούσκος, Χ. Παυλίδης, Δ. Καλαμάρας, Γ. Θύμης, Αλ. Μπαλτάς κ. ά.
Η Εταιρεία διοικείται από εννεαμελές Διοικητικό Συμβούλιο. Αλληλοδιάδοχοι εκλεγόμενοι Πρόεδροι διετέλεσαν οι Κωνσταντίνος Μερκουρίου, Στίλπων Κυριακίδης, Χαράλαμπος Φραγκίστας, και Κωνσταντίνος Βαβούσκος. Από 2 Απριλίου 2006 Πρόεδρος της Εταιρείας Μακεδονικών Σπουδών είναι ο Νικόλαος Μέρτζος.
Το επιστημονικό και εθνικό έργο της Εταιρείας, αναγνωρίσθηκε και τιμήθηκε όχι μόνο στην Ελλάδα αλλά και στο εξωτερικό· έχει τιμηθεί με το αργυρό μετάλλιο της Ακαδημίας Αθηνών και το χρυσό μετάλλιο του Δήμου Θεσσαλονίκης· επιπλέον διαπρεπείς επιστήμονες εξήραν το έργο της Εταιρείας, όπως είναι ο V. Laurent στην Revue des Etudes Byzantines (τόμ. 7ος ) και ο Bruno Lavagnini στο Atene e Roma (1954).
ΤΟ ΙΔΡΥΜΑ ΜΕΛΕΤΩΝ ΧΕΡΣΟΝΗΣΟΥ ΤΟΥ ΑΙΜΟΥ (Ι.Μ.Χ.Α.)
Το Ι.Μ.Χ.Α. ιδρύθηκε το 1953 ως παράρτημα της Εταιρείας Μακεδονικών Σπουδών. Η Εταιρεία στέγασε το ΄Ιδρυμα αυτό στον τρίτο όροφο του Μεγάρου Α΄ και έθεσε στη διάθεσή του όλες τις υπηρεσίες της -εξαιρουμένου του λογιστηρίου- και όλους τους πόρους της. Για εξασφάλιση της συνοχής του με την Εταιρεία αποφασίστηκε να διατελεί υπό πρόεδρο και αντιπρόεδρο διοριζόμενους από το Διοικητικό Συμβούλιο της Εταιρείας. Με αυτό το νομικό καθεστώς λειτούργησε μέχρι το φθινόπωρο του 1973, όταν με κυβερνητική πρωτοβουλία ανεξαρτητοποιήθηκε τελείως από την Εταιρεία, συστάθηκε ως αυτοτελές νομικό πρόσωπο ιδιωτικού δικαίου και στεγάστηκε σε ξεχωριστό χώρο. Σήμερα το ΄Ιδρυμα διοικείται από επταμελές Διοικητικό Συμβούλιο, τρία μέλη του οποίου ορίζει το Διοικητικό Συμβούλιο της Εταιρείας.
ΤΟ ΙΣΤΟΡΙΚΟ ΑΡΧΕΙΟ ΜΑΚΕΔΟΝΙΑΣ
Το αρχείο αυτό ιδρύθηκε το 1954 ύστερα από πρωτοβουλία και μακροχρόνιες προσπάθειες του Διοικητικού Συμβουλίου της Εταιρείας Μακεδονικών Σπουδών, ως δημόσια υπηρεσία υπαγόμενη στο Υπουργείο Εθνικής Παιδείας και στο Υπουργείο Πολιτισμού και επιστημών, με σκοπό τη διάσωση, διατήρηση, συντήρηση και αξιοποίηση των αρχείων της Βορείου Ελλάδος και ειδικότερα της Μακεδονίας. Το αρχείο αρχικά φιλοξενήθηκε στον τέταρτο όροφο του Μεγάρου Α΄ της Εταιρείας και η Εταιρεία ανέλαβε όλα τα έξοδα λειτουργίας του. Ο μεγάλος όμως αριθμός των συγκεντρωθέντων αρχείων κατέστησε αναγκαία τη μετακόμιση του Ιδρύματος σε άλλους μεγαλύτερους χώρους. ΄Ετσι η Εταιρεία στερήθηκε το ΄Ιδρυμα αυτό, δεν έπαυσε όμως να ενδιαφέρεται για τη λειτουργία του. Εξακολουθεί να διορίζει τα τρία μέλη της Εφορευτικής του Επιτροπής (και τα αναπληρωματικά), χορηγεί δωρεάν τις εκδόσεις της σ αυτό και παρέχει την υποστήριξή της όταν υπάρχει ανάγκη.
ΤΟ ΠΝΕΥΜΑΤΙΚΟ ΚΕΝΤΡΟ ΜΑΚΕΔΟΝΩΝ ΣΠΟΥΔΑΣΤΩΝ (Π.Κ.Μ.Σ.)
Το Κέντρο αυτό ιδρύθηκε από την Εταιρεία το 1967 ως παράρτημά της με σκοπό να βοηθήσει τους Μακεδόνες σπουδαστές που προέρχονταν από την επαρχία τόσο στις σπουδές τους, όσο και στη γενικότερη πνευματική τους καλλιέργεια. Στεγάστηκε στον πέμπτο όροφο του Μεγάρου Α΄, όμως δεν βρήκε απήχηση, παρά σε ελάχιστους σπουδαστές, γεγονός που ανάγκασε την Εταιρεία να αναστείλει τη λειτουργία του.
ΤΟ ΚΕΝΤΡΟ ΑΠΟΔΗΜΩΝ ΜΑΚΕΔΟΝΩΝ (Κ.Α.Μ.)
Το Κέντρο Αποδήμων Μακεδόνων ιδρύθηκε στις 18 Μαΐου 1967 με απόφαση του Διοικητικού Συμβουλίου της Εταιρείας Μακεδονικών Σπουδών ως παράρτημά της. Σκοπός του Κέντρου αυτού ήταν η συμπαράσταση προς τους Μακεδόνες ομογενείς που διαμένουν στο εξωτερικό και η διατήρηση της επαφής τους με την πατρώα γη. Το έτος 1997 το Κέντρο Αποδήμων Μακεδόνων έπαυσε να λειτουργεί μετά από απόφαση της τότε Κυβερνήσεως.